Была такая же проблема, причем из багажника вода еще поддтекала и под заднее седенье. Провел тщательное расследование: вытащил все из багажника, снял всю боковую обшивку. Обнаружил явные следы протечки воды в багажник через щель между задними фонарями и кузовом (через верхнюю часть щели). Причем конструкция предполагает, что вода текущая по водостоку